Erken Dönem ve Saltanat Öncesi Sultan Sencer, 1086 yılında Sincar'da doğdu. Babası Büyük Selçuklu Sultanı Melikşah, annesi ise Taceddin Seferiyye Hatun'dur. Babasının ölümü sonrasında, Büyük Selçuklu İmparatorluğu içinde iktidar mücadelesi başladı. Sultan Sencer'in annesi Terken Hatun, Sultan Melikşah'ın küçük oğlu ve Sencer'in kardeşi olan I. Mahmud'u sultan ilan etti. Ancak Melikşah'ın büyük oğlu Berkyaruk, taraftarlarının desteğiyle Rey'de sultan ilan edildi. Bu dönemde Büyük Selçuklu İmparatorluğu üç ayrı bölgeye ayrıldı: İran, Irak ve Orta Asya Berkyaruk'un hükümdarlığı altında; Suriye'de ise amca çocukları olan Tutuş'un idaresinde Şam ve Halep Meliklikleri olarak. Ayrıca Anadolu Selçuklu Devleti de bu dönemde bağımsızlığını ilan etti.
Sultan Sencer, 1097 yılında Horasan valiliğine atanarak ilk kez yönetim görevine başladı. Horasan valiliği sırasında, Kaşgar'dan gelen Ebrail Arslan Han'ı Tirmiz civarında mağlup ederek Kaşgarlı istilacıyı geri püskürtmeyi başardı.
Sultanlık Dönemi ve Mücadeleler Sultan Sencer'in kardeşi Berkyaruk, 1105 yılında ölünce Sultan Sencer, amcası Muhammed Tapar'ın gözetiminde Selçuklu Sultanı oldu. Ancak Sultan Muhammed Tapar'ın ölümünün ardından taht mücadelesi tekrar alevlendi. Sultan Sencer, Irak ve batı İran'ın yönetimini elinde bulunduran kardeşi II. Mahmud ile taht için mücadele etti. Ancak Sultan Sencer'in üstün gelmesi sonucu II. Mahmud, Sultan Sencer'in hükümdarlığını tanıdı ve ona bağlı bir alt sultan olarak kabul etti. Sultan Sencer'in bu zaferiyle Irak Selçuklu Devleti adı verilen yeni bir devlet kuruldu.
Sultan Sencer, Horasan'da uzun yıllar hüküm sürdü ve Horasan Selçukluları'nın Meliki olarak devleti idare etti. Aynı zamanda Harezmşahlar Devleti'nde etkili bir hükümdar olan Atsız ile mücadelelerde bulundu. Sultan Sencer, Oğuz ittifakına karşı bir sefere çıktı ancak bu seferi kaybederek esir düştü. Bu dönemde Horasan büyük bir nüfus kaybına uğradı ve nüfusunun eski seviyeye ulaşması yıllarca sürdü.
Türbesi Sultan Sencer'in türbesi, eski Merv şehrinde yer almaktadır. Ancak bu türbe, 1221 yılında Moğollar tarafından Merv'in yağmalanması sırasında tahrip edildi. Sonraki yıllarda birkaç kez restore edilen türbe, son olarak UNESCO tarafından restore edilmiştir. Bu restorasyonlar sırasında önceki hataların düzeltilmesine özen gösterilmiştir.
Sultan Sencer'in türbesi, eski Merv şehrindeki ovalık arazide bariz bir şekilde görülebilecek büyüklükte tuğla duvarlardan inşa edilmiş bir yapıdır. Türbenin eni, boyu ve yüksekliği 38 metreye ulaşırken üzerinde büyük bir kubbe bulunmaktadır. Türbe, Türkmenistan'da bulunmaktadır ve tarihi bir eser olarak korunmaktadır.
Sultan Sencer, Büyük Selçuklu İmparatorluğu'nun önemli hükümdarlarından biri olarak tarihe geçmiştir ve onun hayatı, saltanatı ve türbesi, Türk tarihindeki önemli bir dönemi yansıtmaktadır.