Bu göller mitolojik olarak İslam aleminde kutsal sayılan balıkları (sazangiller) ve çevresindeki tarihi eserler ile Şanlıurfa'nın en çok ziyaret edilen tarihî mekanlarındandır.
Tarihsel ve bilimsel verilere göre, Balıklıgöl havuzları, yarı kadın yarı balık olan tanrıça Atargatis için yapılmış antik pagan (putperest) tapınaklarıdır ve MÖ 1000-300 yılları arasında inşa edildiği tahmin edilmektedir. Bu göllerdeki balıklara dokunmanın ve yemenin yasak olduğu benzer tapınaklar İsrail, Lübnan, Suriye gibi yerlerde de bulunmaktadır.
Balıklıgöl, İslam mitolojisinin yanı sıra Yahudi ve Hristiyan mitolojileri ile de ilişkilendirilir. İslam mitolojisine göre İbrahim peygamber, Nemrut tarafından ateşe atıldığında bu göller oluşmuştur. Ancak Kur'an ve Hadis kitaplarında bu olaya dair kesin bir ayet veya hadis bulunmamaktadır. İslam mitolojisinin dışında, Yahudi mitolojisi de İbrahim'in ateşten kurtulduğunu söyler, ancak bu olay Balıklıgöl ile özdeşleştirilmiştir.
Hristiyan mitolojisi ise bölgedeki İsa'nın havarisi Aziz Thomas'ın martyriumunu anlatır. Kral Abgar, cüzzam hastalığına yakalanmış ve İsa'nın iyileştirici gücünden duyduğu şehri ziyaret etmek istemiştir. İsa ise kendisini resmetmeye çalışan ressam Hannah'a bir mendili yüzüne sürmüş, ve bu mendil mucizevi bir şekilde İsa'nın yüzünün bir yansıması olarak ortaya çıkmıştır. İsa'nın mektubu ile şehir kapılarına dua edilmesi, Perslerin kuşatmasını bozmuştur. Bu olaylar Hristiyan mitolojisine dairdır.
Bilimsel olarak, Şanlıurfa'nın tarihi çok eskiye dayanır ve bu bölgede birçok farklı medeniyet hüküm sürmüştür. Balıklıgöl Platosu, 12.000 yıllık bir tarihi barındırır. Bölgede yapılan kazılarda M.Ö. 9.000 - 10.000 yıllarına tarihlenen Urfa Adamı heykeli bulunmuştur. Balıklıgöl'deki en eski yapılaşmalar, Osroene Krallığı dönemine aittir. Roma ve Bizans dönemlerinde ise bölgede büyük sel taşkınları yaşandı ve bu taşkınları önlemek için su yönlendirme yapıları inşa edildi. Bu dönemlerde Balıklıgöl, Justinianopolis adını aldı.
1970'lerden önce Balıklıgöl'de yüzme etkinlikleri düzenlenirken, sonraki yıllarda göldeki balıkların kutsal olduğu inancı yaygınlaştı ve yüzme yasağı getirildi.
Balıklıgöl, hem tarihi hem de mitolojik açıdan önemli bir mekan olup farklı inanç ve kültürlere ait mitolojilerle bağlantılıdır. Ayrıca bilimsel açıdan da zengin bir tarihçeye sahiptir.
