Berka'nın Defne bölgesindeki Butnan'da doğdu. Libya'daki en büyük Arap kabileleri arasında sayılan Menife'ye mensup Gays ailesindendir. İlk eğitimini babasından aldı. Ardından tahsil için kardeşi Muhammed ile birlikte Senûsîler'in Zenzûr Zaviyesi şeyhi Seyyid Hüseyin el-Garyanî eş-Şemsî'nin yanına gönderildi; babasının ölümü üzerine de onun himayesine girdi. Eğitimini burada tamamladı.
Ömer el-Muhtar, 1912'de Osmanlılar'ın Uşi (Ouchy / Lozan) Antlaşması sonucunda kuvvetlerini buradan çekmesinin ardından geride kalan askerleri Mısır'a götürmek isteyen Aziz el-Mısrî ile ona engel olmak isteyen Ahmed Şerif es-Senûsî'nin adamları arasında çıkan çatışma sonrasında Ahmed Şerif es-Senûsî tarafından ara buluculukla görevlendirildiği gibi Berka bölgesinin kumandasını da üstlendi. I. Dünya Savaşı'nın başlaması üzerine Osmanlı Harbiye Nezareti Teşkîlat-ı Mahsûsa vasıtasıyla buraya bazı subaylarını gönderdiğinde, İcdabiye'de Şeyh İbrahim el-Misratî ile birlikte Osmanlılar'ın Afrika grup komutanı sıfatıyla faaliyette bulunan Enver Paşa'nın kardeşi Nuri Paşa ile görüşmek için Butnan'a gitti. Bu arada Ahmed Şerif es-Senûsî'nin İstanbul'a götürülmesinin (1917) ardından Osmanlı Devleti İdrîs es-Senûsî'yi onun halefi olarak kabul etmişti. İdrîs es-Senûsî'nin (I. İdrîs I genel vekili sıfatıyla direniş hareketinin kumandanlığına getirilen Ömer el-Muhtar, Cebelülahdar'a geldiği yıllardan itibaren başta Enver Paşa olmak üzere Türk subaylarından aldığı bilgiler ışığında emrine verilen gönüllüleri sayıları 100 ile 300 arasında değişen birliklere ayırdı. Kabileleri de üç ayrı bölgede teşkilatlandırarak her biri için kaymakam ve kadı görevlendirdi, bunların tamamını kendine bağladı.
Yine Enver Paşa'nın Trablusgarp savaşı yıllarında askerî eğitim almaları için İstanbul'a gönderdiği, burada yetiştikten sonra geri dönerek direnişe katılan yerli subaylar da onun yanında yer aldı. İdrîs es-Senûsî bazı ileri gelen şeyhler ve kabile reisleriyle birlikte tedavi gerekçesiyle 1922'de Mısır'a gitmiş ve yerine kardeşi Muhammed Rıza es-Senûsî'yi vekil bırakmıştı. 27 Şubat 1923'te Ömer el-Muhtar son gelişmeleri görüşmek üzere bir heyetle birlikte Mısır'a gitti. Arap ve İslam dünyasına yardım çağrısında bulundu. İdrîs es-Senûsî, Mısır'da güven içinde hayatını sürdürmesi karşılığında bu ülkenin İtalya ile anlaştığını ileri sürerek kendisinden talep edilen yardım konusunda herhangi bir şey yapamayacağını söyledi. Bu arada Ömer el-Muhtar'ın Mısır'a geçtiğini öğrenen İtalyanlar buraya bir heyet gönderip cihaddan vazgeçmesini ve Mısır'da yaşamasını, Berka'ya döndüğü takdirde kendisine bir köşk tahsis edilerek maaş bağlanacağını bildirdiler. Bu teklifleri reddeden Ömer el-Muhtar dönüşü esnasında Ebyarülguba'da İtalyanların saldırısına uğradıysa da kurtulmayı başardı (23 Nisan 1923). Haziran ayında İtalyanlar'la Senûsîler arasında Ömer el-Muhtar'ın da katıldığı büyük bir çarpışma meydana geldi.
İdrîs es-Senûsî'nin kendisine hiçbir ümit vermemesi üzerine Ömer el-Muhtar, heyette yer alan Yûsuf Ebû Rahîl el-Mismarî ve Ali Hamid el-Ubeydî ile birlikte Ahmed Şerif es-Senûsî'ye 20 Şubat 1924 tarihinde bir mektup gönderdi. İtalyanlar'ın daha önce İdrîs es-Senûsî ile imzaladıkları anlaşmaları iptal ettiklerini, Trablusgarp halkının başsız bırakıldığını, askerî bir düzeni olmayan birliklerle Cebelülahdar'da cihada devam edeceklerini bildirdi: kendilerine para. silah ve erzak göndermesini talep etti. Bu arada bütün bölgeleri gezerek Berka, Trablus ve Fizan'daki direnişleri tek bir idare altında toplamaya çalıştı.
Libya'da henüz işgal edilmeyen şehirlerin bir an önce ele geçirilmesi için sabırsızlanan Mussolini 1925'te Emilio de Bono'yu Trablusgarp sömürge valiliğine tayin etti. Ömer el-Muhtar'a destek sağlayan Cağbûb, Ûcla, Calû, Fizan ve Kufra gibi yerlerin Cebelülahdar ile irtibatlarının kesilmesine karar verildi. Ahmed Şerif es-Senûsî'nin kardeşi Seyyid Safıyyüddin'in idareci olarak bulunduğu Cağbûb'u İdrîs es-Senûsî'den aldığı emir üzerine direnmeksizin 9 Şubat 1929'da İtalyanlar'a teslim etmesi Ömer el-Muhtar'ı büyük bir destekten mahrum bıraktı. Ömer el-Muhtar kumandasındaki kuvvetler İtalyanlar'a karşı vurkaç taktiği uygulamaya başladılar. İtalyan işgal ordusu ile direnişçiler arasında çarpışmalar hızlandı. Bunlardan ilki Rahîbe'de meydana geldi ve burada çok sayıda İtalyan askeri esir alındı.
İkincisi Akiretü'l-Matmûra'da oldu. Ömer el-Muhtar önemli adamlarından bir kısmını bu çarpışmada kaybederken İtalyanlar'a da büyük kayıplar verdirdi. 22 Nisan 1927'de Derne'de Ömer el-Muhtar'ın İtalyan ordusunun yedinci taburuna büyük zayiat verdirmesinin ardından İtalyan işgalindeki bölgelerde mevcut Senûsî zaviyeleri ve camiler kapatılıp şeyhler tutuklandı. Bingazi işgal edildiği halde buranın çevresindeki Berka bölgesi direnişin merkezine dönüştüğü için İtalya 1928'de burayı topyekün işgale karar verdi.
Berka bölgesine 1923-1929 yıllan arasında Bongiovanni, Mombelli. Teruzi ve Sicilliani vali tayin edilmiş, ancak bunlar Ömer el-Muhtar karşısında başarısız kalmıştı. 1929'da Trablusgarp ile Bingazi birleştirildi ve sömürge genel valiliğine Pietro Badoglio getirildi. Yeni vali yerli ahalinin direnişini her çareye başvurarak kırmaya kararlıydı. Muhammed Rıza es-Senûsî ve Şarif el-Garyanî. İtalyanlar adına 6 Nisan 1929*da Ömer el-Muhtar ile görüştüler ve direnişten vazgeçtiği takdirde Hicaz'a veya Mısır'a gidebileceğini, ayrıca kendisine para verileceğini söylediler. Bu teklifler reddedildiği gibi valinin bu yolda şahsî girişimleri bir sonuç vermedi.
10 Ocak 1930'da sömürge genel vali yardımcılığı ve Sirenayka valiliğine o güne kadar tayin edilenlerin en acımasızı olarak bilinen Rodolfo Graziani getirildi. Ömer el-Muhtar kumandasındaki mücahidlerin Libya'dan ve dış dünyadan yardım almalarını önlemek için buranın Fizan, Kufra ve Mısır ile bağlarının koparılması kararlaştırıldı. Bu amaçla 15 Ocak 1930 tarihinde Cebelülahdar'daki direniş siperleri uçaklarla bombalanırken 24 Ocak günü Fizan'in merkez şehri Merzûk. 25 Şubat'ta ise buranın batısındaki Gat kasabası işgal edildi. 1928 yılı başında İtalya'ya sürgüne gönderilen Muhammed Rıza serbest bırakılıp Bingazi'ye dönünce Ömer el-Muhtar'a bir mektup yazarak İtalyanlar'a teslim olmasını istedi. Yine red cevabı alan İtalyanlar bu defa Rıza tarafından Cebelülahdar ahalisine hitaben yazılan bir mektubu uçaklarla yerleşim yerlerine attılar. Bundan da bir sonuç alamayınca bölgenin kırsal kesimlerinde yaşayan bütün halkı kamplarda toplamaya başladılar. 23 Eylül 1930 tarihinde İtalyanlar'la yapılan Kerisse çarpışmasında Ömer el-Muhtar'ın yakın adamlarından Fudayl b. Ömer ile birlikte kırk adamı şehid oldu. Trablusgarp direnişinin önemli bölgelerinden olan Kufra'nın merkezi Tac köyü İtalyanlar'ın eline geçti (18 Ocak 1931).
Direnişe en büyük destek Mısır'dan geldiği için Graziani Akdeniz sahilindeki Sellûm yakınında deniz kıyısından güneydeki Cağbûb'a kadar uzanan yaklaşık 270 kilometrelik bir mesafeyi 2 m. yüksekliğinde ve 3 m. genişliğinde dikenli tellerle kapattırdı. Böylece mücahidlerin yardım temin ettikleri tek yön de kesilmiş oldu. Bölgedeki yerli ahali önce Aynülgazale kampına kapatıldı, dört ay sonra da 1934 yılına kadar kalacakları Akile, Makrûn, Suluk ve Berîka kamplarına doldurularak mücahidlerin yerlilerle irtibatı kesildi. Verimli arazilerin tamamı İtalya'dan buraya göç ettirilen ailelere verildi. Kamplarda bulunanların yarısı açlık ve hastalık yüzünden ölürken bazıları da mücahidlere bağlılıklarını devam ettirdikleri bahanesiyle idam edildi. Sadece Berîka kampında 1930-1932 yılları arasında 30.000 kişi öldü.
Ömer el-Muhtar yaşının ilerlediği gerekçesiyle Mısır'a gidip yerleşmesi yolundaki tavsiyelere karşılık mücadeleyi sürdürmeye kararlı olduğunu bildiriyordu. Bu azminden ötürü kendisine 'çöl aslanı' unvanı verilmişti. Ancak 11 Eylül 1931 tarihinde adamlarıyla birlikte sahabeden Seyyid Rafi'in kabrini ziyarete gittiklerinde İtalyan çemberi içinde kaldılar. Ömer el-Muhtar burada İtalyanlar'a esir düştü, yapılan mahkemede 'İtalyan tebaası bir isyankar' olarak yargılandı ve idama mahkûm edildi (15 Eylül 1931). Ertesi gün de Suluk kampında tutulan 20.000 civarındaki halkın önünde asılarak idam edildi. Afrika'daki Avrupa sömürgeciliğinin karşısında en önemli direniş hareketlerinden birini ortaya koyan Ömer el-Muhtar, Berka halkının Senûsiyye içinde kendi rızalarını kazananlara verdiği 'seyyid' unvanı ile ve 'şeyhü'ş-şüheda' olarak anıldı. Hayatı ve faaliyetleri pek çok araştırmaya konu oldu.
